La plus ancienne mention évoquant Neunkirch date de 1290, elle évoque le prêtre de Rhinau qui y célèbre la messe; mais l'origine du pèlerinage est encore une énigme, ainsi que la date d'arrivée de la statuette en ivoire de la Vierge Marie. Ce que l'on sait, c'est que Neunkirch est un lieu de pèlerinage florissant depuis le Moyen Âge, grâce à l'évêque Robert de Bavière. En 1455 l'église Notre-Dame est construite, de 1590 à 1765 les jésuites administrent les lieux et construisent l'actuel presbytère. En 1879 est bâtie la chapelle de Notre-Dame du Perpétuel Secours et la chapelle des Saints Auxiliateurs sous la direction de l'abbé Kelhetter, également à l'origine de la construction de l'église Saint-Anne ouverte en 1891. En 1913 le pèlerinage passe aux mains des pères Oblats de Marie Immaculée. Entre 1950 et 1960, le pèlerinage de Neunkirch prend son aspect actuel, sous la direction du Père Jean-Baptiste Guthan, avec L'aménagement du chemin de procession et de l'esplanade qui peut recevoir jusqu'à 2 000 pèlerins. La situation géographique du site de Neunkirch, loin des grandes voies de circulation, fait de ce lieu de pèlerinage, un havre de paix, de prières et de méditations.